PopGen

Populationsgenetik, Genetische Genealogie und verwandte Themen (Alle)

Anzahl genetische Vorfahren pro Vorfahrengeneration – geteilte DNA der Ahnenreihen

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2009 hat Luke Jostins (damals Sanger@Cambridge, jetzt ChristChurch@Oxford) in seinem Blog (mittlerweile offline) das Thema aufgegriffen:https://web.archive.org/web/20150510023555/http://www.genetic-inference.co.uk/blog/2009/11/how-many-ancestors-share-our-dna/Mit seinem „quick-and-dirty model of recombination“ (siehe später hinzugefügte Notiz am Beginn) kam er auf „The number of genetic ancestors … eventually flattens out to around 125„. Damals waren die ca. maximal 125 genetischen Vorfahren die einzige Referenz zu dieser […]

Was ist Blutsverwandtschaft? (RAI Südtirol)

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Folgende Fragen wurden von der Hörerin Maria aus Martell eingesendet und durch Moderatorin Erica Corbellini für „Sie stellen die Frage – wir suchen die Antwort” an mich gestellt (gesendet in der RAI Südtirol Radiosendung „Von zwei bis fünf – Das Magazin am Nachmittag“ vom 5.11.2014 um 15:15, Wiederholung am 6.11. um 9:15): Was versteht man unter […]

Vergleich von Illumina and Affymetrix SNP chips für Populationsstudien

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    Ha et al. 2014 von der Universität Göttingen haben 12 chips untersucht, um deren Fähigkeit der Erfassung der Diversität der europäischen, asiatischen und afrikanischen Bevölkerungen zu vergleichen. Der Affymetrix Axiom GW CHB (1–2 million SNPs) scheint das beste Preis-Leistungsverhältnis zu bieten, während der Illumina Human Omni2.5-8 (>2 million SNPs) für Europa die umfassendsten […]

Niederländisches Startup bietet schnelle Sequenzanalysen (VCF)

 in atDNA / Diskussion-News / PopGen  verschlagwortet Datencenter / Genom / IT / NGS / Rechencenter / Sequenzierung von

Das holländische Unternehmen Genalice mit Sitz in Harderwijk bietet mit MAP eine Soft- und Hardwarelösung an, welche es erlaubt die Rohdaten aus einer kompletten menschlichen Sequenzierung (NGS complete human genome as FASTQ) in weniger als 30 Minuten zu analysieren und eine Variantdatei (VCF) zu generieren. Weitere Meilensteine laut Firmenangaben: 100x schnellere Ausrichtung (Alignment) und Kartierung […]

Diversität der italischen Populationen: Umfassende DNA-Studie

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Erneut belegt eine Untersuchung, durchgeführt von der Uni Sapienza Roma in Zusammenarbeit mit Instituten in Bologna, Cagliari und Pisa, die Heterogeneität der italischen Bevölkerung. Interessante Forschungen, welche noch deutlich ausgeweitet gehören, denn mitochondriale DNA (0,001% des Genoms) und Y-DNA (1,8 %) sind nicht das richtige Mittel um genetische Diversität umfassend festzustellen. Folgende Studie benutzt Daten […]

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Die Universitäten von Stockholm und Uppsala sind die Initiatoren des Projekts „The Atlas of Ancient Human Genomes in Sweden„, welches alle historischen menschlichen Überreste im heutigen Schweden, welcher älter als 5.000 Jahre alt sind, genetisch testen und öffentlich kartieren will. Auch Skelette aus Bronze- und Eisenzeit, sowie bis ins Mittelalter, sollen aufgenommen werden. Ein sehr ambitioniertes Projekt: man kann nur hoffen andere Länder ziehen nach.

Cro-Magnon und Neandertaler trafen sich wohl nicht in Europa

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In den letzten Jahrzehnten war es Lehrmeinung, dass Cro-Magnon-Mensch und Neandertaler auch in Zentral- und West-Europa über einen Zeitraum von 8.000-10.000 Jahren „nebeneinander“ lebten. Genetische Evidenz einer „Hybridisierung“ im Nahen Osten vor der Ausbreitung des Homo Sapiens nach Europa hat diese Lehrmeinung schon seit einigen Jahren in Frage gestellt. Wood et al. 2014 veröffentlichte nun […]

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Die Fortschritte im Bereich der Molekulargenetik sind immer wieder erstaunlich. Gegen Ende der 1980er wurde von Japanischen Forschern zum ersten Mal eine DNA-Sequenz in Bakterien beobachtet, dessen Bedeutung erst später entschlüsselt wurde: Bakterien nutzen diese DNA-Fragmente als Immunsystem um damit Viren zu bekämpfen. Und diese Funktionalität (Crispr mit Enzym Cas9) kann benutzt werden um sprichwörtlich die DNA jedes Lebewesens „umzuschreiben“. Wie bei jeder revolutionären neuen Technik eröffnet dies Möglichkeiten, welche Positiv oder Negativ interpretiert werden können. Artikel zum Thema in der NY Times.

Helle Haut, Haare und Augen ein Erbe vom Neandertaler?

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Laut mehreren unabhängigen Studien stammt 1-5% der DNA eines Europäers vom Neandertaler. Dadurch sollen sich sich laut zwei neuen Studien 20-30% des Neandertal-Genoms über westliche Eurasiaten bis in moderne Zeit gerettet haben. Interessant ist, dass die erforschten funktionalen Stellen der DNA (Gene) besonders bei Haut, Haaren und Augen in Europäern mit jenen von Neandertalern übereinstimmen. […]