Affymetrix and Illumina Chip designs, CC-BY-SA Hupé 2012
Ha et al. 2014 von der Universität Göttingen haben 12 chips untersucht, um deren Fähigkeit der Erfassung der Diversität der europäischen, asiatischen und afrikanischen Bevölkerungen zu vergleichen. Der Affymetrix Axiom GW CHB (1–2 million SNPs) scheint das beste Preis-Leistungsverhältnis zu bieten, während der Illumina Human Omni2.5-8 (>2 million SNPs) für Europa die umfassendsten Ergebnisse bringt. Es finden sich keine Preisangaben oder Vergleiche, aber da die ersten kompletten Genome für Preise zwischen 1.000 und 2.000 US-Dollar verfügbar sind, scheint die Zeit der SNP-chips auszulaufen, die sie wohl nicht um weniger als ein Fünftel der Kosten von NGS verfügbar sind. NGS hat dabei den Vorteil besonders die genetische Varianz bisher nicht untersuchter eher isolierter Populationen deutlich besser einzufangen.