Kurzmitteilungen


Langanhaltende Dürren und extreme Regenperioden trafen die Europäer immer wieder und über 30 Forscher unterschiedlichster Universitäten haben diese Wetter-Ereignisse nun im „Dürre-Atlas der Alten Welt“ (Old World Draught Atlas) innerhalb der letzten 2000 Jahre anhand von Baumringen kartiert. Siehe Publikation Cook et al: Old World megadroughts and pluvials during the Common Era und Zeit-Artikel: Extremwetter im Mittelalter.


Victoria Zavyalova (Russia Beyond The Headlines) berichtet von einem stark wachsenden Markt in Russland für genetische Tests. Ende September will die Atlas Biomed Group ihr Angebot verfügbar machen, welches jenem von 23andMe ähneln zu scheint. Das Unternehmen Genotek bietet ebenfalls ähnliche Tests bereits seit einigen Jahren an. Noch sind die Test in Russland allerdings teurer als internationale Konkurrenz: was um $100-200 erhältlich ist, kostet bei russischen Anbietern $600-800. Interessierte Russen umgehen somit oft das Verbot des Exports von Biomaterial mit Tricks, um die internationalen Angebote nutzen zu können. Russland hatte unter der Sowjetherrschaft einen starken Bann aller genetischen Forschungen inklusive Verfolgung von Genetikern.


Eine Studie welche hauptsächlich bei den amerikanischen Hutterern durchgeführt wurde, hat ergeben, dass jeder Mensch im Schnitt 0.29 (95% interval 0.10-0.83) autosomale rezessive Allelen in sich trägt, welche homozygotisch zu kompletter Sterilität oder lethalen Komplikationen vor der Geschlechtsreife führen. Interessant ist, das dieses Verhältnis scheinbar bei den unterschiedlichsten Eukaryoten ziemlich konstant ist. Die Zusammenarbeit von Forschern an den Universitäten von Chicago und Columbia ist als Preprint auf arXiv verfügbar.


DNA Genotek and Seven Bridges Genomics haben eine Studie veröffentlicht, welche beweisen soll, dass Speichelproben bei Verwendung mit Whole Genome Sequencing (WGS) die gleiche Performance wie Blutproben erreichen können. Die Studie wurden beim Human Genome Meeting in Genf als Poster präsentiert: Systematic multi-sample analysis of the effect of sample type (blood vs. saliva) on variant calling confidence for WGS. Die Studie basiert auf den Daten von zwei Familien-Trios und die Unterschiede der Proben bezüglich der feststellbaren Varianten (SNPs und INDELs) wurden ebenso untersucht, wie die Ursachen derselben.


Die Universitäten von Stockholm und Uppsala sind die Initiatoren des Projekts „The Atlas of Ancient Human Genomes in Sweden„, welches alle historischen menschlichen Überreste im heutigen Schweden, welcher älter als 5.000 Jahre alt sind, genetisch testen und öffentlich kartieren will. Auch Skelette aus Bronze- und Eisenzeit, sowie bis ins Mittelalter, sollen aufgenommen werden. Ein sehr ambitioniertes Projekt: man kann nur hoffen andere Länder ziehen nach.


Die Fortschritte im Bereich der Molekulargenetik sind immer wieder erstaunlich. Gegen Ende der 1980er wurde von Japanischen Forschern zum ersten Mal eine DNA-Sequenz in Bakterien beobachtet, dessen Bedeutung erst später entschlüsselt wurde: Bakterien nutzen diese DNA-Fragmente als Immunsystem um damit Viren zu bekämpfen. Und diese Funktionalität (Crispr mit Enzym Cas9) kann benutzt werden um sprichwörtlich die DNA jedes Lebewesens „umzuschreiben“. Wie bei jeder revolutionären neuen Technik eröffnet dies Möglichkeiten, welche Positiv oder Negativ interpretiert werden können. Artikel zum Thema in der NY Times.


Eine Forschergruppe aus den Niederlanden hat ein interessantes Paper (Lao et al. 2014) veröffentlicht, welches 2.457 Europäer von 23 Lokalitäten in 133.363 bezüglich LD ausgewählten SNPs anhand der genetischen Beziehungen vergleicht. Verwendet werden dabei mehrere Methoden:

  • Classical Multidimensional Scaling (MDS) + Mclust analysis using the D distance matrix based on the T1 (Genotype) statistic;
  • MDS + Mclust analysis using the distance matrix with the transformed V matrix;
  • SPA + Mclust analysis using the original genotype data;
  • GemTools analysis using the original genotype data;
  • genetic algorithm + AMOVA using the original D matrix;
  • genetic algorithm + AMOVA using the V matrix.